Kaitsealade piiranguvööndites toimub küllaltki intensiivne lageraie

https://pohjarannik.postimees.ee/6582303/koos-vanade-metsadega-kaovad-paljude-liikide-elupaigad

https://ee.fsc.org/sites/default/files/2025-05/Oluliste%20riskide%20kirjeldus%202025.pdf

Riigi poolt lubatud raietööd Natura aladel asuvates Natura metsaelupaigatüüpides, mis toimusid ilma Natura hindamiseta, ajendasid Euroopa Komisjoni algatama 2021. a. juunis Eesti vastu rikkumismenetlust. Komisjon on seisukohal, et Eesti rikub EL-i keskkonnaõigust, täpsemalt elupaikade direktiivi ja strateegilise keskkonnamõju hindamise direktiivi. Seetõttu peatas Keskkonnaamet 2022. aasta veebruaris raietööd Natura aladel asuvates Natura metsaelupaigatüüpides.

https://www.estwatch.ee/wp-content/uploads/2021/03/Natura-raied-2021.pdf

Kõikidest 248 kaitsealadel asuvatest metsaelupaigaga loodusaladest paiknevad 144 kaitsealadel, mille kaitse-eeskirju ja seega ka raiepiiranguid pole muudetud perioodil 2011–2020 ehk pärast 2010. aastat, kui suurem osa Natura 2000 võrgustikust oli moodustatud. Metsaelupaigaga loodusaladest 104 asetsevad aga kaitsealadel, mille kaitse-eeskirjad on viimati muudetud või esmakordselt vastu võetud pärast 2010. aastat. Joonisel 8 on kolmes kategoorias välja toodud, kuidas on 104 alal raiepiirangute käsitlus muutunud.

Leebemaks muudetud 58 ala kaitse-eeskirjas ehk nendel aladel muutus raiumine perioodil 2011–2020 varasema kaitsekorra või 2010. aasta tüüptingimusega võrreldes lihtsamaks

https://ee.fsc.org/sites/default/files/2025-05/Oluliste%20riskide%20kirjeldus%202025.pdf

Uuringus (ELF, 2021) järeldati, et looduskaitseseaduses sätestatud üldine uuendusraiete keeld kaitsealade piiranguvööndites ei taga Natura 2000 võrgustikku kuuluvatele metsakooslustele piisavat kaitset, kuna enamik metsakoosluste kaitse-eeskirju annab erandeid, mis lubavad uuendusraiete tegemist.