https://www.envir.ee/sites/default/files/2019_aprill_koormuse_ulevaade.pdf
Viimase (2017. aasta) seisundi hinnangu kohaselt oli keskkonnaeesmärkidele mittevastavaid vooluveekogumeid 270, neist on 205 puhul on üheks põhjuseks kalastiku seisund, milledest 158 juhul on põhjuseks toodud paisud.
Praegu on heas seisus vaid pooled Eesti pinnavee- ja kolmveerand põhjaveekogudest.
Halvendavad pinnaveekogude seisundit kõige enam toitained ja taimekaitsevahendid põllumajandusest, paisutõkestused, maaparandustööd ning tööstusest ja jääkreostusest vette sattuvad ohtlikud ained
https://ee.fsc.org/sites/default/files/2025-05/Oluliste%20riskide%20kirjeldus%202025.pdf
Viimastel aastakümnetel on toimunud kuivendussüsteemide ulatuslik rekonstrueerimine. Kuivendussüsteemidest kandub suurel hulgal heljumit ja orgaanilist ainet ojadesse ja jõgedesse, mis halvendab veekogude seisundit. See on põhjuseks, miks suur osa EL-i veedirektiivi alusel moodustatud veekogumitest, mille valgalast moodustavad metsad suure osa, ei ole heas seisundis.
Kokku on veekogude seisundi parandamiseks plaanis ette võtta 2300 tegevust